مایک پمپئو وزیر امور خارجه ایالات متحده آمریکا روز سه‌شنبه 12 ژانویه 2021 فاش کرد ایران به سازمان القاعده کمک کرد حملات 11 سپتامبر را ترتیب دهد.
پمپئو که پیش از این ریاست سازمان سیا را هم بر عهده داشت، در صفحه توئیترش با تاکید بر اینکه القاعده و ایران «محور ویرانی» در جهان هستند، فاش کرد که ایران به سازمان القاعده کمک کرد حملات 11 سپتامبر را ترتیب دهد.
به گفته او ایران به نیروهای القاعده اجازه داد آزادانه با خارج در ارتباط بوده و در خاک ایران آزادانه رفت و آمد کنند. او همچنین ایران را افغانستان جدید برای القاعده دانست.
پمپئو با اشاره به کشته شدن ابومحمد المصری نفر دوم القاعده، که سال پیش در منطقه پاسداران تهران کشته شد، گفت که ایران به پناهگاه امنی برای القاعده تبدیل شده است.
روزنامه نیویورک تایمز در ماه نوامبر 2020 گزارش کرد ابومحمد المصری از فرماندهان بارز القاعده و متهم اصلی برنامه‌ریزی بمب‌گذاری دو سفارت آمریکا در آفریقا در سال 1998، به دست ماموران اسرائیلی در تهران کشته شد. پیش از این ایران مدعی شده بود که کسی از «تروریست‌ها» در خاک این کشور حضور ندارد.
این در حالی است که محمد جواد لاریجانی 30 می 2018 در گفتگوی اختصاصی با تلویزیون رسمی ایران جزئیات رابطه این کشور با سازمان القاعده و کنترل رفت و آمد اعضای این سازمان و به ویژه عاملان حملات یازده سپتامبر و همچنین حضور افراد القاعده در ایران را فاش کرده بود.
لاریجانی که در آن زمان سمت معاون امور بین‌الملل قوه قضائیه را بر عهده داشت، گفت: «گزارش کمیسیون یازده سپتامبر که یک گزارش تفصیلی است و شخصیت‌هایی مثل لی همیلتون و امثال اینها ریاست این کمیسیون را بر عهده داشتند، در صفحات فکر کنم 240 یا 241 این گزارش، دو یا سه صفحه راجع به ایران است. یک سوال مطرح کردند که ایران در این قضایا چه نقشی می‌توانسته داشته باشد؟ مجموعه گزارش‌هایی بود که این عناصر القاعده که از عربستان (پادشاهی عربی سعودی) که می‌خواستند بروند افغانستان یا جای دیگری، اینها با پروازها یا زمینی می‌آمدند، دم مرز تقاضا می‌کردند که شما مهرتان را توی پاسپورت ما نزنید، چون اگر دولت عربستان بفهمد ما ایران آمدیم، ما را اذیت می‌کند. بعضی از اینها را هم دولت ما قبول می‌کرد مهر نزند، چون ترانزیت بودند، دو ساعت بودند بعد رد می‌شدند می‌رفتند ولی اطلاعات آمد و رفت‌شان را داشتند. این رو اینها یک جوری گفتند که انگار ایران با القاعده همکاری داشته یا مثلا گفت یک هواپیمایی که داشته از یک جایی عبور می‌کرده، مثلا از یک نقطه‌ای به یک نقطه دیگر در منطقه می‌رفته، ضمن اینکه این خلبان عملیات در آن بوده، یک فرمانده ارتش حزب‌الله هم در یک صندلی دیگر نشسته بود. حالا مجموعه اینها را سر هم کرده بودند که آیا ایران مستقیما یا از طریق حزب الله لبنان با القاعده در این زمینه همکاری کرده یا نه؟ خود جمع‌بندی کمیسیون به طور کلی این است که القاعده به طور کلی دشمن درجه یک ایران بوده...»
محمد جواد لاریجانی که ریاست کمیسیون حقوق بشر قوه قضائیه ایران را هم بر عهده داشت، تاکید کرد افراد القاعده به طور دائم با نهادهای اطلاعاتی ایران در تماس بوده و از ایران به عنوان نقطه آغاز سفرشان به افغانستان و دیگر مناطق جهان استفاده می‌کردند.
در همان زمان وزارت امور خارجه آمریکا تاکید کرد که سخنان لاریجانی اعترافی از سوی این کشور مبنی بر تسهیل سفر عاملان حملات 11 سپتامبر و دست داشتن در این حملات است.
روزنامه آمریکایی «فری بیکن» سه‌شنبه 12 مه 2018 به نقل از یک مقام مسئول در وزارت امور خارجه آمریکا نوشت که سخنان جواد لاریجانی «اعترافی به آن چیزی است که از مدت‌ها پیش دولت‌های آمریکا درباره کمک ایران به عاملان حملات 11 سپتامبر از گروه القاعده در عبورشان از خاورمیانه، تاکید داشتند.»
