در نخستین اعتراف از سوی یک مقام مسئول پیشین یا کنونی ایران، علی جنتی وزیر پیشین ارشاد و فرزند آیت‌الله جنتی دبیر شورای نگهبان تأکید کرد زمان آن رسیده که مسئولان امنیتی کشور بعد از ترور محسن فخری‌زاده «دانشمند برجسته» هسته‌ای و رئیس سازمان پژوهش و نوآوری‌های وزارت دفاع، دست به اقدام بزنند به‌ویژه که عملیات ترور شخصیت‌های علمی و سرقت اسناد بکلی محرمانه، تکرار شده است.
او افزود: «با توجه به حضور فعال رژیم صهیونیستی و ترورهای مکرر شخصیت‌های علمی وسرقت اسناد به کلی سری کشور، اکنون زمان آن فرارسیده است که مقامات امنیتی کشور دریابند که خطر نفوذ اهریمنی اسرائیل، جدی است و برای آن تدبیری بیندیشند.»
تکذیب قبلی و به تمسخر گرفتن ادعای اسرائیل
مسئولان ایران درستی ادعای دو سال پیش اسرائیل در مورد دستیابی به اسناد محرمانه مربوط به برنامه هسته‌ای ایران را تکذیب کرده و محمد جواد ظریف وزیر خارجه و عباس عراقچی معاون او، این دست سخنان نتانیاهو نخست‌وزیر اسرائیل را به تمسخر گرفته و گفتند: «چنین ادعایی حقیقتاً خنده‌دار است.»
نخست‌وزیر اسرائیل دو سال پیش با تأکید بر این که تهران به فعالیت «هسته‌ای سری» خود ادامه می‌دهد، یکی از اسناد، را نشان داده و عنوان ساخت که دستگاه اطلاعاتی اسرائیل موفق به دستیابی به آن از داخل ایران شده که عبارت از عکس محسن فخری‌زاده مسئول پروژه دوگانه محرمانه بود و گفت: «این نام را به خوبی به خاطر بسپارید.»
علی جنتی در ادامه توئیت خود تأکید کرد که از دست‌دادن فخری‌زاده، خسارتی جبران ناپذیربرای جامعه علمی کشور بود.
در همین راستا حسن دهقان وزیر دفاع پیشین و مشاور کنونی علی خامنه‌ای رهبر نظام تأکید کرد که ترور فخری‌زاده نشان می‌دهد که رخنه امنیتی در اشراف اطلاعاتی کشور وجود دارد که باید شناسایی شود.
حسین علایی از فرماندهان پیشین سپاه پاسداران نیز تأکید کرد که شیوه ترور فخری‌زاده رئیس سازمان پژوهش و نوآوری در وزارت دفاع نشان می‌دهد که ساختار عملیاتی اسرائیل در ایران فوق‌العاده پیشرفته و متکی بر اطلاعات دقیق است.
شایان ذکر است که وزارت دفاع ایران جمعه 27 نوامبر، کشته‌شدن فخری‌زاده در پی زخمی‌شدن در حمله «عناصر تروریستی» را اعلام داشت و تأکید کرد که او بعد از هدف قرار گرفتن خودرو حامل وی و تبادل آتش میان محافظان و «عوامل تروریست»، «بشدت زخمی» شده و بعد از انتقال به بیمارستان درگذشت. عملیات ترور فخری‌زاده در شهر آبسرد منطقه دماوند در شرق تهران اجرا شد.
