خبرگزاری فارس روز جمعه با انتشار یادداشتی به پیامدهای اقتصادی و سیاسی بحران قره‌باغ بر ایران اشاره و تسلط آذربایجان بر بخش‌هایی از قره‌باغ را «فاجعه شوم»ی خواند که با «همدستی ترکیه، جمهوری آذربایجان، رژیم صهیونیستی و تروریست های تکفیری» و « ماهگیری اقتصادی و سیاسی» رقم خورده و منافع ایران در آن تامین نشده است.
این خبرگزاری نزدیک به سپاه پاسداران ایران همچنین نوشت که تحولات تازه که موجب از دست رفتن تقریبا کامل نوار مرزی ایران با جمهوری ارمنستان و همسایگی کامل ایران با جمهوری آذربایجان در مرزهای شمالی شده و این امر را همراه با «تبعات امنیتی و اقتصادی» برای ایران دانست.
در ادامه این یادداشت آمده که «با تثبیت کنترل مناطق مرزی تحت کنترل ارمنستان توسط جمهوری آذربایجان، ایران عملا در تقریبا تمامی بخش های مرز شمالی غربی خود با خطر نفوذ و جاسوسی رژیم صهیونیستی، تروریست های تکفیری و شیطنت های پان ترک های مورد حمایت اردوغان مواجه است. شیطنت ها و دخالت هایی که منجر به برخی ناآرامی ها در برخی شهرهای آذری نشین ایران نیز شد.»
در اول اکتبر 2020 نمایندگان رهبر ایران در استان‌های شمال غرب که محل سکونت آذری‌هاست، بیانیه مشترکی در حمایت از آذربایجان صادر و اعلام کردند که منطقه قره‌باغ به باکو تعلق دارد.
همزمان با این بیانیه ایران اعلام کرد آسمان خود را برای پروازهای روسیه برای حمایت از ارمنستان باز می‌کند. این موضوع اعتراضات گسترده‌ای را نه تنها در استان‌های شمال غرب ایران بلکه حتی در تهران موجب شد و معترضان شعارهای «قره‌باغ مال ماست و مال ما خواهد ماند» سر دادند.
در پی این اعتراضات حسن روحانی رئیس‌جمهوری ایران، محمد جواد ظریف وزیر امور خارجه و علی اکبر ولایتی مشاور ارشد رهبر ایران در امور بین‌الملل را بر آن داشت فورا از ارمنستان بخواهند از سرزمین‌های آذربایجان خارج شود.
خبرگزاری فارس در توضیح پیامدهای اقتصادی-سیاسی جدی استقرار آذربایجان در مرزهای شمالی این کشور و پایان یافتن همسایگی ایران و ارمنستان نوشت: «ارمنستان شریک اقتصادی مهم ایران است و در کنار قرارداد تهاتر برق و گاز، از حضور ایران در پروژه های جاده سازی در نقاط مختلف این کشور منتفع می شد. ارمنستان حیاتی ترین قطعه از طرح کریدور شمال – جنوب برای اتصال خلیج فارس به دریای سیاه و کشورهای منطقه قفقاز و آسیای میانه است و در صورت تحقق رویای شوم ترکیه برای از بین رفتن دسترسی زمینی ایران به ارمنستان، جمهوری اسلامی ایران توان و مزیت ژئوپلتیک خود در این زمینه را هم از دست خواهد داد. اتصال نخجوان – قره باغ – آذربایجان منجر به از بین رفتن مرز زمینی ایران و ارمنستان شده و بدین شیوه کنترل کامل تجارت ایران در منطقه قفقاز به دست ترکیه و روسیه می افتد. ارمنستان یک مسیر ترانزیت جایگزین برای ایران محسوب می شود تا جمهوری اسلامی برای تبادل و انتقال کالا به اروپا صرفا به ترکیه وابسته نباشد. اما حالا ترکیه با اجرای نقشه های خطرناک خود و از بین بردن دسترسی به ارمنستان، می تواند علائق خود را به ایران تحمیل کند.»
پیش از این مجله فارین‌پالیسی با انتشار مقاله‌ای بر این موضوع تاکید کرده بود که درگیری بین آذربایجان و ارمنستان در بدترین زمان ممکن برای ایران رخ داد.
از سویی ایران در پی تحریم‌های گسترده و کمرشکن آمریکا اوضاع اقتصادی دشواری را سپری می‌کند و در خارج از مرزها هم در ماجراجوئی‌های متعددی در عراق و سوریه و دیگر کشورها مشارکت کرده و در سال‌های اخیر منابع مالی و انسانی زیادی صرف این ماجراجویی‌ها کرده است.
ایران علاقه‌مند به ایفای نقش در درگیری‌های جنوب قفقاز است و در گذشته هم در نقش میانجی‌گر ظاهر شده، اما اوضاع فعلی این کشور دست تهران را برای هر اقدامی بسته است.
به باور نویسندگان مقاله فارین پالیسی ایران دیگر به مانند اوایل دهه 90 که درگیری‌هایی در منطقه قره‌باغ رخ داد، دارای چنان استقلال دیپلماتیک نیست و حالا باید پس از روسیه، ترکیه و غرب جایی در انتهای صف برای خود دست و پا کند.
تهران همچنین نگران تاثیر این دیگری روی برخی اقلیت‌های ایران است. وجود میلیون‌ها ترک آذربایجانی که براساس برخی آمارها تعداد آنها 20 میلیون نفر اعلام شده، نگرانی جدی در زمینه کشیده شدن درگیری‌های ارمنی-آذری به داخل ایران به وجود آورده؛ درگیری‌هایی که می‌توانند امنیت داخلی ایران را به شکل مستقیم تهدید کنند و این موضوع دست‌های ایران را بسته است. در واقع ایران می‌خواهد نقشی در این درگیری‌ها ایفا کند ولی توان این کار را ندارد.
